Associée au relief l'activité humaine a fortement contribué à la formation des paysages des Plaines Monts d'Or. L'activité agricole ou son abandon est souvent à l'origine de la transformation des espaces et des formations végétales.
La flore présente sur les Plaines Monts d'Or est intimement liée à la nature du sol, à la lumière du soleil, à la présence ou non de l'eau, on rencontrera :
- le cortège des plantes calcicoles, lié au calcaire présent sur la plus grande partie du massif,
- une végétation acidophile sur les terrains argilo-siliceux (roches anciennes et grès),
- une végétation adaptée à la faiblesse de la lumière dans les sous-bois,
- une végétation adaptée à la sécheresse dans les prairies sèches des sols peu profonds exposés au sud
- des orchidées
En simplifiant, on peut distinguer les principaux milieux suivants :
- les zones rocheuses tels que les falaises naturelles ou les fronts de taille des carrières auxquelles on peut associer les innombrables murs de pierres sèches, les éboulis, les sols caillouteux …
- les prairies et notamment celles sur calcaires avec leur richesse en orchidées,
- les friches, ce stade intermédiaire entre prairie et forêt, dues essentiellement au recul du pâturage depuis quelques décades,
- les boisements,
- les zones humides présentent essentiellement en bord de Saône et ponctuellement sous forme de mares.