L'expression micro-mammifère est employée ici pour des mammifères dont la longueur du corps est inférieure à environ 10 cm et dont le poids est inférieur à 200 grammes.
Vingt-sept espèces de micro-mammifères sont actuellement connues sur le massif, réparties en chiroptères, rongeurs et insectivores.
Les chiroptères sont les plus nombreux avec 13 espèces connues. Les Monts d'or sont un des meilleurs sites du département du Rhône.
L'existence de falaises, de carrières, d'importantes surfaces de murs de pierres sèchent offrent nombre de gîtes pour se reposer et se cacher des prédateurs soit la journée en période d'activité, soit l'hiver pendant la période de léthargie. Elles trouvent également des milieux naturels encore riches d'insectes dont elles se nourrissent.
Couzon, Albigny et Poleymieux recueillent l'essentiel des effectifs. Six espèces sont d'intérêt européen: barbastelle, grand murin, murin de Bechstein, petit et grand rhinolophe, murin à oreille échancrées. Plus banal, les Monts d'or hébergent également les murins de daubenton, de natterer, à moustaches, les oreillards roux et gris, la noctule commune et la pipistrelle de Kuhl.
Toutes les chauves-souris sont protégées par la réglementation française.
Les rongeurs sont nombreux en termes d'espèces. Six campagnols (terrestre, des champs, agrestre, roussâtre, de Fatio et souterrain) et le mulot à gorge jaune. Ce sont eux qui creusent les galeries sous la surface du sol.
Les « plus faciles » à observer sont les plus gros d'entre eux et non souterrains :
- le lérot, reconnaissable à son masque noir autour des yeux et sa queue se terminant par une touffe de poils noirs. Bien que classé dans la catégorie des rongeurs, il ne dédaigne pas les escargots, lézards et œufs d'oiseaux.
- le muscardin, petit mammifère (15 à 20 g) vivant dans les buissons et construisant une boule de végétaux comme nid.
- le loir (70 à 200 g), se nourrit de bourgeons, de noisettes, de champignons, de divers fruits et entre autres les pommes dans les greniers. Il peut dans certains cas s'attaquer à des œufs d'oiseaux.
Les insectivores sont présents avec 3 espèces dont 2 sont communes : les musaraignes, musettes et carrelets pesant environ une dizaine de grammes. Elles fréquentent des milieux ouverts, les haies, les jardins. Elles se nourrissent d'insectes et d'invertébrés (petits escargots, vers…).
La troisième espèce, le pachyure étrusque est très particulière ; d'abord par sa taille (environ 2 g, un des plus petits mammifères au monde) et ensuite du fait de sa répartition normalement méditerranéenne.
Quant à la taupe, elle joue un rôle important pour l'aération du sol comme ses propres prédilections sont les lombrics.
La discrétion d'une majorité de ces espèces empêche à ce jour une réelle connaissance de leur évolution, mais l'on peut toutefois considérer qu'à partir du moment ou des activités humaines respectent leurs habitats dans leur diversité, les différentes populations ont un avenir certain.
